Een effectenhypotheek is een vorm van hypotheek, waarbij er via een effectenportefeuille kapitaal wordt opgebouwd. Het beleggingsaspect maakt deze hypotheekvorm risicovol. Er wordt namelijk geen garantie geboden op het kunnen aflossen van de hypotheekschuld aan het einde van de looptijd. Aan de andere kant biedt een effectenhypotheek ook de mogelijkheid om aan het einde van de looptijd meer kapitaal te hebben opgebouwd dan de bestaande hypotheekschuld. Er wordt niet afgelost tijdens de looptijd, want er dient alleen maar rente betaald te worden. Dat is dus fiscaal gezien wel voordelig, want de hele looptijd van dertig jaar kan de rente bij de aangifte inkomstenbelasting in mindering worden gebracht op het inkomen.
Bij het afsluiten van een effectenhypotheek kan de keuze worden gemaakt tussen het storten van een bedrag ineens in een effectenportefeuille of tussen een periodieke inleg. Het is natuurlijk de bedoeling dat het gestorte kapitaal gedurende de looptijd groeit en dan voldoende oplevert om de effectenhypotheek te kunnen aflossen als de looptijd is verstreken. Het verschil met een beleggingshypotheek is, dat er geen sprake is van beleggen via een kapitaalverzekering. De effectenhypotheek bestaat enerzijds uit een aflossingsvrije lening en anderzijds uit een effectenrekening of beleggingsrekening, die aan de hypotheek gekoppeld is. Er kan altijd zelf een keuze worden gemaakt met betrekking tot de fondsen, waarin het geld wordt belegd. De maandlasten bestaan bij een periodieke inleg uit hypotheekrente en uit de inleg op de beleggingsrekening. Na dertig jaar als de looptijd is verstreken, kan het opgebouwde kapitaal van de effectenrekening benut worden om de hypotheekschuld te voldoen.
Naast het fiscale voordeel van de aftrek van hypotheekrente is er ook een fiscaal nadeel aanwezig. Er is namelijk sprake van een vermogensrendementsheffing op de effectenhypotheek. Zo zal er over het vermogen op de effectenrekening elk jaar 1,2 procent vermogensrendementsheffing berekend worden. Overigens mag de beleggingsrekening fiscaal gezien wel voor een ander doel dienen dan voor de aflossing van de hypotheek. Bij het afsluiten van een effectenhypotheek wordt de eenmalige inleg vaak ook in de financiering opgenomen. Hierdoor wordt er vaak meer dan honderd procent van de executiewaarde van de woning geleend. Daarmee kan er dus een redelijk aandelenkapitaal aangeschaft worden. Overigens is de rente over dit extra bedrag niet fiscaal aftrekbaar. De effectenhypotheek wordt bij meerdere banken aangeboden, zodat het zeker aan te raden is om de hypotheekmogelijkheden bij meerdere banken met elkaar te vergelijken. Dat kan gedaan worden door bij verschillende een offerte effectenhypotheek aan te vragen.